Bağırsak mikrobiyomu, insan vücudundaki en büyük ve en çeşitli mikrobiyal topluluktur. Kompleks karbonhidratların parçalanmasına, B12 ve K gibi temel vitaminlerin üretilmesine ve bağırsak astarını besleyen kısa zincirli yağ asitlerinin oluşmasına yardımcı olur. Bağışıklık sistemini eğitir, metabolizmayı etkiler ve vücuttaki enflamatuar tepkileri düzenler. Bağırsak mikrobiyomu ayrıca ruh halini, uykuyu ve stres tepkisini etkileyen kimyasal haberciler aracılığıyla beyinle iletişim kurar.

Ağız mikrobiyomu, sindirim ve solunum sistemlerinin giriş kapısıdır. Dengeli bir pH'ı koruyarak ve faydalı bileşikler üreterek ağzı ve vücudu patojenlerden korumada hayati bir rol oynar. Bu topluluktaki bozulmalar diş eti iltihabına, diş çürüklerine ve hatta kardiyovasküler ve bilişsel gerileme gibi sistemik etkilere yol açabilir. Ortaya çıkan araştırmalar, ağız mikrobiyomunun genel bağışıklık ve metabolik sağlıkla yakından bağlantılı olduğunu göstermektedir.

Vajinal mikrobiyom, kadın sağlığı için merkezidir. Enfeksiyonlara karşı koruma sağlayan hafif asidik bir ortamın sürdürülmesine yardımcı olan koruyucu Lactobacillus türleri tarafından domine edilir. Dengeli olduğunda, doğurganlığı, hormonal düzenlemeyi ve rahatlığı destekler. Bu dengenin bozulması, tekrarlayan enfeksiyonlara veya iltihaplanmaya yol açabilir. Vajinal mikrobiyom, ergenlik, hamilelik ve menopoz gibi yaşam evreleriyle birlikte hormonal ve metabolik değişiklikleri yansıtacak şekilde doğal olarak kayma gösterir.